Vétéran du Viet-Nam, il a été le principal agent en charge de l'enquête sur l'assassinat de la première femme de Gibbs et de sa fille. Gibbs, qui était alors impliqué dans l'opération “Tempête du désert� en tant que sergent du corps des Marines, a rejoint le NCIS peu de temps après, afin d'éviter que de tels évènements se reproduisent.

Il a été le formateur de Gibbs lorsque ce dernier a quitté les Marines pour intégrer le NIS en 1992 (date à laquelle le NIS est devenu NCIS). C'est lui qui a appris à Gibbs la formule “ne jamais s'excuser; c'est un signe de faiblesse�. Il éprouvait beaucoup de respect et de sympathie pour Gibbs et le vouvoyait, mais il l'appelait aussi “Probie� et lui tapait derrière la tête. Franks a également permis indirectement à Gibbs de réaliser sa vengeance, en laissant les dossiers des suspects en évidence sur son bureau. En utilisant ces informations ainsi que son entrainement et ses compétences, Gibbs a pu assassiner le meurtrier de sa famille, réfugié en Amérique du sud.

Franks a pris sa retraite du NCIS en 1996 et s'est installé au Mexique, après que ses supérieurs eurent refusé de suivre ses conseils. Une erreur qui a conduit à un attentat sur les tours Khobar. Choqué par la flagrante négligence dont ses supérieurs ont fait preuve et perdant ainsi toute confiance en son gouvernement, Franks a alors remis son insigne et son arme à Gibbs, laissant donc son poste vacant pour le jeune Jethro.

Mike s'est ensuite installé au Mexique dans une modeste maison au bord de l'océan. Il revient sur le sol américain pendant la saison 3 suite à l'appel du directeur Shepard l'informant de l'état de santé de Gibbs. Les deux hommes sont toujours très liés et d’ailleurs Mike Franks appelle encore Gibbs, “Probie�. Franks l'aide alors à retrouver la mémoire, après l'attentat dont il a été victime et qui l'avait plongé dans le coma. À la fin de la saison 3, Gibbs quitte le NCIS pour des raisons très semblables à celles qui avaient poussé Franks prendre sa retraite en 1996. Il le rejoindra alors chez lui au Mexique.

Dans la saison 4, Gibbs appelle Franks lorsqu'il découvre qu'il était l'agent du NIS en charge d'une affaire qui vient de resurgir. Franks se déplace et clôt à sa façon le dossier en tuant le principal trafiquant d'armes qu'il n'avait pu mettre en prison quelques années plus tôt. (episode 4×04)

Franks a eu un fils marine qui décède sous ses yeux dans l'épisode 4×18. Au cours d'une mission en Irak, ce fils a eu un enfant avec une Irakienne qui sera rejetée par sa famille à cause de cela. Finalement, Mike recueille la mère et l'enfant chez lui.

Mike revient en fin de saison 5 pour aider Jenny dans sa quête mortelle et aidera Gibbs à mettre un terme aux erreurs du passé (épisode 5×18).

Dans la saison 6, il assiste Gibbs et son équipe lorsqu'une enquête ramène Gibbs 18 ans en arrière dans la jungle colombienne (épisode 6×15).

Lors de la saison 7, Mike Franks est de retour avec un double meurtre sur les bras, le tout sur le bateau de Gibbs. (épisode 7×06).

Il revient dans la saison 8 et aide Gibbs et son équipe dans la traque de Paloma Reynosa (épisode 8×01). Il rend de nouveau visite à Gibbs en fin de saison (épisode 8×23) et meurt assassiné après avoir engagé un combat contre le Port-to-Port Killer qui l'attendait à la sortie de la maison de Gibbs.

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