Le générique de la saison 1 de la série fait apparaitre Mark Harmon, Sasha Alexander, Michael Weatherly, Pauley Perrette et David McCallum. On peut noter que la série s'intitule alors Navy NCIS pour éviter les confusions avec la série “Les Experts� (“CSI� en anglais).

Le générique de la saison 2 fait apparaitre Sean Murray parmi les acteurs. On observe un léger changement de ryhtme en ce qui concerne la musique de fond, changement le plus notable lors des premières secondes du générique.

Première version du générique de la saison 3, elle sera utilisée pour les deux premiers épisodes : 3x01 et 3x02. On note que Sasha Alexander n'en fait plus partie, suite au décès de Kate à la fin de la saison 2.

Cote de Pablo fait son entrée dans le générique de la série à partir de l'épisode 3x03.

Une nouvelle version du générique de la saison 3 pour faire apparaitre Lauren Holly à partir de l'épisode 3x09.

La première version du générique de la saison 4, utilisée pour les deux premiers épisodes de cette saison : 4x01 et 4x02. Gibbs ayant pris sa retraite à la fin de la saison 3, Mark Harmon est donc représenté par un Gibbs barbu se reposant au Mexique.

Le seconde version de ce générique. Gibbs ayant réintégré son équipe, Mark Harmon est alors de nouveau représenté dans le générique par “l'agent spécial Gibbs� et non plus par un “Gibbs à la retraite�.

Pour ce générique de la saison 5, les changements ne sont que au niveau des animations, les acteurs restent les mêmes que la saison précédente.

Les génériques des saisons 6 et 7 sont identiques. Ils voient disparaitre Lauren Holly suite à la mort de son personnage à la fin de la saison 5, remplacée par Rocky Caroll dès le premier épisode de la saison 6.

Pour la huitième saison, un nouveau générique fait son apparition. Aucun changement au niveau du cast, et Brian Dietzen n'y apparait toujours pas. Au niveau des extraits, on observe beaucoup de changements, dont notamment l'apparition de la voiture jaune de Gibbs et la scène de McGee en jetpack dans l'ascenseur.

Nouvelle saison, nouveau générique. Aucun changement en ce qui concerne le cast. On note que Palmer n'a toujours pas le droit d'y apparaitre.